Розрахунки з бюджетом в частині ПДВ здійснюються з рахунків у системі електронного адміністрування податку на додану вартість (далі – СЕА ПДВ).
Кошти, з рахунку платника в СЕА ПДВ перераховуються до державного бюджету в сумі податкових зобов'язань з ПДВ, що підлягає сплаті за наслідками звітного податкового періоду, та на поточний рахунок платника податку за його заявою, яка подається до контролюючого органу у складі податкової звітності з ПДВ, у розмірі суми коштів, що перевищує суму задекларованих до сплати до бюджету податкових зобов'язань та суми податкового боргу з цього податку.
Відповідно до п. 19 Порядку електронного адміністрування податку на додану вартість, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 16 жовтня 2014 року № 569 (далі – Порядок № 569), за підсумками звітного (податкового) періоду відповідно до задекларованих у податкових деклараціях з податку результатів діяльності, а також у разі подання уточнюючих розрахунків до податкової декларації з податку, платником податку проводиться розрахунок з бюджетом у порядку, визначеному ст. 200 Податкового кодексу України (далі – ПКУ).
У разі недостатності коштів на електронному рахунку платника податку для сплати до бюджету узгоджених податкових зобов’язань платник податку у строки, встановлені ПКУ для самостійної сплати податкових зобов’язань, перераховує на електронний рахунок необхідні кошти з поточного рахунка (п. 22 Порядку № 569).
Згідно з п. 20 Порядку № 569 для перерахування до бюджету сум узгоджених податкових зобов’язань відповідно до поданої податкової декларації з ПДВ Державна податкова служба не пізніше ніж за три робочі дні до закінчення граничного строку, встановленого ПКУ для самостійної сплати податкових зобов’язань, надсилає Державній казначейській службі реєстр платників податку, в якому зазначаються найменування або прізвище, ім’я та по батькові платника податку, податковий номер або серія (за наявності) та номер паспорта (для фізичних осіб – підприємців, які мають відмітку в паспорті про право здійснювати будь-які платежі за серією (за наявності) та номером паспорта), індивідуальний податковий номер платника податку, звітний (податковий) період та сума податку, що підлягає перерахуванню до бюджету.