Відповідно до пп. 86.7.4 п. 86.7 ст. 86 під час розгляду матеріалів перевірки комісія з питань розгляду заперечень:
встановлює, чи вчинив платник податку, щодо якого було складено акт перевірки, порушення податкового, валютного та/або іншого законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи;
розглядає обставини вчинених правопорушень, які відображені в акті перевірки, а також встановлені при розгляді наданих платником податків відповідно до цього пункту письмових пояснень та їх документального підтвердження (зокрема щодо обставин, що стосуються події правопорушення, та вжитих платником податків заходів щодо дотримання правил та норм законодавства, з посиланням на документи та інші фактичні дані, що підтверджують зазначені обставини);
досліджує питання наявності або відсутності обставин, що виключають вину у вчиненні правопорушення (крім правопорушень, відповідальність за які настає незалежно від наявності вини), пом'якшують або звільняють від відповідальності;
досліджує питання щодо необхідності проведення перевірки у порядку, встановленому пп. 78.1.5 п. 78.1 ст. 78 ПКУ;
визначає розмір грошових зобов'язань та/або суму зменшення бюджетного відшкодування та/або зменшення від'ємного значення об'єкта оподаткування податком на прибуток або від'ємного значення суми податку на додану вартість, та/або суму зменшення податку на доходи фізичних осіб, задекларованого до повернення з бюджету, зокрема при використанні права на податкову знижку, та/або заниження чи завищення суми податкових зобов'язань, заявленої у податковій декларації, або суми податкового кредиту, заявленої у податковій декларації з податку на додану вартість, а також необхідність надсилання (вручення) платнику податків відповідного податкового повідомлення-рішення у випадках, передбачених ПКУ.
При розгляді матеріалів перевірки контролюючим органом досліджуються всі наявні фактичні дані, що стосуються предмета розгляду, у тому числі документи, надані платником податків або витребувані у нього, письмові та усні пояснення платника податку, інші фактичні дані, що наявні або доступні контролюючому органу.
За результатами розгляду матеріалів перевірки комісія з розгляду заперечень приймає висновок, що є невід'ємною частиною матеріалів перевірки.
У разі встановлення необхідності проведення позапланової документальної перевірки у порядку, встановленому пп. 78.1.5 п. 78.1 ст. 78 ПКУ, висновок за результатами розгляду матеріалів перевірки приймається комісією з питань розгляду заперечень після проведення такої перевірки з урахуванням її результатів.