Порядок нарахування податкових зобов’язань з рентної плати за спеціальне використання води визначений п. 255.11 ст. 255 ПКУ.
Водокористувачі самостійно обчислюють рентну плату за спеціальне використання води та за спеціальне використання води для потреб гідроенергетики і рибництва щокварталу наростаючим підсумком з початку року, а за спеціальне використання води для потреб водного транспорту - починаючи з першого півріччя поточного року, у якому було здійснено таке використання.
Обсяг фактично використаної води обчислюється водокористувачами самостійно на підставі даних первинного обліку згідно з показаннями вимірювальних приладів.
За відсутності вимірювальних приладів обсяг фактично використаної води визначається водокористувачем за технологічними даними (тривалість роботи агрегатів, обсяг виробленої продукції чи наданих послуг, витрати електроенергії, пропускна спроможність водопровідних труб за одиницю часу тощо). У разі відсутності вимірювальних приладів, якщо можливість їх встановлення існує, рентна плата сплачується у двократному розмірі.
Обсяг фактично використаної води на державних системах у зрошувальному землеробстві визначають органи водного господарства.
У разі перевищення водокористувачами встановленого річного ліміту використання води рентна плата обчислюється і сплачується у п’ятикратному розмірі виходячи з фактичних обсягів використаної води понад встановлений ліміт використання води, ставок рентної плати та коефіцієнтів.