Фінансування Головного управління ДПС у м. Києві здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28.02.2002 № 228 (зі змінами).
Обсяг видатків згідно із затвердженими кошторисними призначеннями на січень - травень 2021 року на утримання Головного управління ДПС у м. Києві за бюджетною програмою 3507010 «Керівництво та управління у сфері податкової політики» загального фонду бюджету складає 322 805,9 тис. гривень.
Станом на 01.06.2021 кошторисні призначення за загальним фондом профінансовані на 97,8 відсотка.