Фінансування Головного управління ДПС у м. Києві здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28.02.2002 № 228 (зі змінами).
Обсяг видатків згідно із затвердженими кошторисними призначеннями на січень - вересень 2021 року на утримання Головного управління ДПС у м. Києві за бюджетною програмою 3507010 «Керівництво та управління у сфері податкової політики» загального фонду бюджету складає 664 884,7 тис. грн., за бюджетною програмою 3507090 «Виконання судових рішень на користь фізичних та юридичних осіб» загального фонду бюджету складає 28 810,0 тис. гривень.
Станом на 01.10.2021 кошторисні призначення за загальним фондом по бюджетній програмі 3507010 профінансовані на 97,8 відсотка, по бюджетній програмі 3507090 профінансовані на 48,8 відсотка.