У разі встановлення необхідності проведення позапланової документальної перевірки у порядку, встановленому пп. 78.1.5 п. 78.1 ст. 78 ПКУ, висновок за результатами розгляду матеріалів перевірки приймається комісією з питань розгляду заперечень після проведення такої перевірки з урахуванням її результатів.
У разі незгоди платника податків або його представників з висновками перевірки чи фактами і даними, викладеними в акті (довідці) перевірки, проведеної на підставі пп. 78.1.5 п. 78.1 ст. 78 ПКУ у зв’язку з розглядом наданих у порядку, визначеному п. 86.7 ст. 86 ПКУ, заперечень до акта (довідки) перевірки, або розглядом скарги на прийняте контролюючим органом податкове повідомлення-рішення, вони мають право подати свої заперечення до контролюючого органу, який проводив таку перевірку, протягом п’яти робочих днів з дня, наступного за днем отримання акта (довідки). Розгляд таких заперечень окремо не здійснюється. Такі заперечення долучаються до матеріалів перевірки або матеріалів щодо розгляду скарги, а наведені в них факти та дані враховуються контролюючим органом при формуванні у передбаченому п. 86.7 ст. 86 ПКУ порядку висновку за результатами розгляду матеріалів перевірки або під час розгляду скарги на прийняте податкове повідомлення-рішення у порядку, встановленому ст. 56 ПКУ.
Відповідно до пп. 86.7.5 п. 86.7 ст. 86 ПКУ податкове повідомлення-рішення приймається керівником (його заступником або уповноваженою особою) контролюючого органу на підставі висновку комісії контролюючого органу з питань розгляду заперечень протягом п’яти робочих днів, наступних за днем прийняття такого висновку комісією і надання (надсилання) письмової відповіді платнику податків, у порядку, визначеному пп. 86.7.1 п. 86.7 ст. 86 ПКУ.