Фінансування Головного управління ДПС у м. Києві здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28.02.2002 № 228 (зі змінами).
Обсяг видатків згідно із затвердженими кошторисними призначеннями на січень - липень 2021 року на утримання Головного управління ДПС у м. Києві за бюджетною програмою 3507010 «Керівництво та управління у сфері податкової політики» загального фонду бюджету складає 494 331,1 тис. грн., за бюджетною програмою 3507090 «Виконання судових рішень на користь фізичних та юридичних осіб» загального фонду бюджету складає 9 795,0 тис. гривень.
Станом на 01.08.2021 кошторисні призначення за загальним фондом по бюджетній програмі 3507010 профінансовані на 97,3 відсотка, по бюджетній програмі 3507090 профінансовані на 40,8 відсотка.